Am 14. April 2025 wurde das PyPI-Sicherheitsteam auf ein Problem bei der Vergabe von Team-Rechten aufmerksam gemacht: Ehemalige Mitglieder einer Organisation behielten ihre Team-Privilegien, obwohl sie bereits aus der übergeordneten Organisation entfernt worden waren. Nach Prüfung bestätigte PyPI den Fehler, erfasste die betroffenen Fälle und spielte innerhalb von knapp zwei Stunden einen Hotfix aus. Eine anschließende Sicherheitsprüfung ergab, dass kein unautorisierter Zugriff stattgefunden hatte.
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